در پی این اقدام و با ارسال نامه «سیدجمال‌الدین اسدآبادی» به «میرزای بزرگ شیرازی»، مرجع وقت شیعیان، وی فتوای تاریخی تحریم توتون و تنباکو را صادر کرد. پیامد این واقعه، استیصال شاه، لغو قرارداد و آغاز مبارزه‌های جدی مردم در برابر استبداد بود. در این میان، مردم مشهد نیز پای در میدان مبارزه با قرارداد استعماری نهادند. در رأس مبارزه‌های مردم مشهد علیه این قرارداد، روحانیون و علمایی همچون «میرزا عبدالرحمن»، «سیدمحمد کلاتی» و «زین‌العابدین واعظ سبزواری» قرار داشتند. به نوشته روزنامه «اختر» به محض ورود مأموران کمپانی رژی به مشهد، مردم به اعتراض برخاستند و بازار مشهد تعطیل شد.

حرکت انقلابی طلاب

روز ۱۳ مهر سال ۱۲۷۰ و در نخستین ساعات بعدازظهر، جمعیتی از طلاب مشهد پس از توقفی کوتاه در مدرسه «بالاسر» به سمت مغازه‌های اطراف حرم مطهر حرکت کردند و از بازاریانی که هنوز مغازه‌های خود را تعطیل نکرده بودند، خواستند در اعتراض به قرارداد رژی، مغازه‌هایشان را تعطیل کنند. مأموران حکومتی برای سرکوب طلاب، به آن‌ها حمله کردند.

در پی این اقدام، طلاب و جمعیت مردمی معترض به سمت حرم رفتند، اما «فتحعلی صاحب‌دیوان» که در آن زمان حکمران خراسان و نایب‌التولیه آستان قدس رضوی بود، به خدام دستور داد از ورود جمعیت معترض به حرم رضوی جلوگیری کنند. دستور حکمران موجب یورش مأموران حکومتی به جمعیت و ضرب و شتم شدید طلاب شد. با این حال، به نوشته «ملا محمدعلی هیدجی» در «رساله دخانیه»، تعدادی از مردم و طلاب خود را به داخل مسجد گوهرشاد، حرم مطهر و مدرسه میرزاجعفر رساندند و در آنجا متحصن شدند.

فرار نماینده کمپانی رژی

شعارهای ضدانگلیسی مردم مشهد، «دانیل» رئیس اداره رژی در مشهد را چنان به وحشت انداخته ‌بود که به «ژنرال مک‌لین» کنسول انگلیس در مشهد متوسل شد و با کمک او و حمایت «صاحب‌دیوان»، حکمران خراسان، همراه با خانواده و کارمندانش، در ارگ حکومتی مشهد پنهان شد.

اعتراض‌های مردمی تا روز بعد نیز ادامه یافت. به نوشته «یوسف متولی حقیقی»، تعدادی از بانوان مشهدی نیز به جمع متحصنان مسجد گوهرشاد پیوستند و با افزایش جمعیت، کار بالا گرفت. 

ناصرالدین‌شاه، از تهدید تا انفعال

ناصرالدین‌شاه که از پیامدهای قیام مردم مشهد بیمناک بود، در تلگرافی به «صاحب‌دیوان»، دستور داد «شجاع‌الدوله و سواران زعفرانلو را به مشهد فراخواند.

همه یاغیان را بدون استثنا دستگیر نمایید. ۱۰۰ نفر از آن‌ها را جلو توپ بگذارید و پدرشان را بسوزانید. این قسم جسارت‌ها و وقاحت‌ها چه معنی دارد؟» اما این تهدیدها فایده‌ای نداشت. حاکم خراسان از پس مردمی که به پا خاسته بودند، برنمی‌آمد.

 دوران تحمل بیداد، به سر آمده بود. شاه تحت فشار مردم مشهد، ناچار اجرای برخی مفاد قرارداد رژی را در مشهد، ۶ ماه تعلیق کرد و مأموران کمپانی نیز ترجیح دادند اقدام‌های خود را پیگیری نکنند. پیروزی مردم در قیام علیه قرارداد رژی، برگ زرینی در تاریخ ایران رقم زد. «عباس اقبال آشتیانی» در این باره می‌نویسد: «واقعه رژی و توفیقی که در راه الغای آن نصیب ملت و علما شد، به ایشان فهماند که می‌توان با پافشاری و قیام از اقدام‌های خودسرانه حکومت استبدادی جلوگیری کرد و این مقدمه‌ای شد برای همین ‌گونه قیام‌ها در ایام صدارت امین‌السلطان و عین‌الدوله در زمان مظفرالدین‌شاه».